Este peculiar cementerio se habilitó siguiendo órdenes superiores –en algún caso directamente de Franco- para que en las poblaciones donde fuera necesario enterrar fallecidos musulmanes, se hiciera en el interior del cementerio Católico y se facilitara que fueran enterrados de acuerdo con sus propios ritos religiosos. Esa atención singular se extendía también a que en los hospitales se respetaran sus creencias religiosas, incluida la alimentación, y no se practicara con ellos proselitismo religioso alguno, amenazando con hacer comparecer ante la justicia a quien incumpliera las normas, según relata el profesor Boubker Bouhadi, de la Universidad Chowaib Doukkali en un artículo sobre los hospitales militares musulmanes durante la Guerra Civil.
Producto de la necesidad de atender a los fallecidos, en España, por un escrito del gobernador Civil de Valladolid fechado en abril de 1949, sabemos que se acondicionaron cementerios musulmanes marroquíes en Sevilla, Zafra (Badajoz), Villafranca de los Barros (Badajoz), Cáceres, Talavera de la Reina (Toledo), Salamanca, Córdoba, Granada, Málaga, Valladolid y Medina del Campo. No obstante, al menos en el tiempo que duró la Guerra Civil hubo algunos más, como Ronda, Vigo o Sanlúcar de Barrameda, por ejemplo.
En Valladolid se habilitaron salas específicas para atender heridos o enfermos marroquíes en el Hospital General y en el Hospital Militar. En Medina del Campo había específicamente un Hospital Musulmán con una filial en Nava del Rey, por lo que cabe suponer que también en Medina se harían enterramientos marroquíes en el cementerio General.
Por supuesto, y siguiendo instrucciones claras de los gobernadores civiles, los gastos de vigilancia y mantenimiento de aquellos recintos especiales corrían a cargo de los ayuntamientos respectivos.
El alcalde de Valladolid, en escrito dirigido al gobernador en abril de 1949, le comunicó que la ciudad había puesto especial esmero en agradecimiento al sacrificio de aquellos rifeños que dieron su vida por España. Para ello, el Ayuntamiento acotó un trozo de tierra, cercándolo y facilitando el acceso a través de una puerta con elementos ornamentales propios de un sobrio estilo árabe.
Lógicamente, los cadáveres se colocaban en la forma prescrita por el rito musulmán, y enterrados directamente en tierra se cubría el sepulcro con las características tejas árabes.
Para dar mayor tranquilidad al gobernador Civil, el alcalde le comenta que recientemente habían visitado el cementerio dos jefes religiosos musulmanes y que mostraron su satisfacción por lo bien atendido y cuidado que estaba, hasta el punto de que dijeron que era el mejor cementerio de todos los que habían visitado en España.
La presencia de autoridades marroquíes a Valladolid, que dedicaban parte de su estancia en visitar a los hospitalizados, conoció un episodio especialmente importante. El 26 de abril de 1937 vino a la ciudad el visir de la zona oriental de Marruecos y Riff Abd-el-Kader, una alta personalidad marroquí. Desde luego tuvo un recibimiento al máximo nivel de reconocimiento por las autoridades civiles y sobre todo militares. Se le recibió a la puerta del Hotel Inglaterra, donde se iba a hospedar, con banda de música tocando el Himno de España, y en la misma plaza Santa Ana se le ofreció un desfile militar.
Por la tarde, el visir recorrió las salas del Hospital Provincial donde estaban siendo atendidos los heridos moros, a los que dedicó afectuosas palabras, e hizo elogio del perfecto funcionamiento del hospital. Y a continuación se trasladó al Hospital Militar, acompañado del general señor del Río y recibido por jefes, oficiales, personal facultativo y el capellán. El visir recorrió las salas donde se hallaban los heridos moros y les dedicó palabras enalteciendo la figura del glorioso general Franco.
No tardó en volver otra delegación de la zona del protectorado marroquí, pues el 1 de noviembre de ese mismo año, el bajá de Larache y varios caídos también visitaron los hospitales de Valladolid siguiendo un periplo por los hospitales de la zona liberada de España.
El cementerio musulmán, que estaba junto a la tapia de cementerio que da a la carretera de Santander, se deshizo a finales de los años 60, cuando la tapia se retranqueó y se reinstaló la puerta de salida de los vehículos. Otro singular hecho relacionado con el cementerio y la Guerra Civil, fue el traslado a Zaragoza de los restos de los soldados italianos muertos en el Hospital Militar que estaban enterrados en el cementerio.
El hecho de que Valladolid quedara lejos del frente de guerra, al haber sido tomado prontamente por el bando sublevado, hizo que el Hospital Militar acogiera numerosos soldados italianos heridos, igual que marroquíes, que estaban sobre todo en el frente del Guadarrama.
A los soldados legionarios italianos fallecidos u hospitalizados se les rindió homenaje en varias ocasiones, bien en el mismo cementerio o en el Hospital Militar. El más solemne fue el llevado a cabo el 27 de julio de 1940, después de una ceremonia religiosa con nutrida presencia de autoridades civiles y militares, se descubrió una lápida en una de las galerías dedicada «a los legionarios italianos caídos por Dios y por España».
Por un listado de julio de 1941 elaborado por el Ayuntamiento de Valladolid sabemos que en el cementerio había enterrados 70 soldados y oficiales italianos. Unos fallecidos por heridas de guerra y otros por las más diversas enfermedades: peritonitis, edema pulmonar, meningitis, tuberculosis, etcétera. Todos fallecidos entre 1937 y 1939.
El 2 de septiembre de ese año, tras los preparativos pertinentes, siguiendo las órdenes del gobernador Civil, se procedió al traslado de todos ellos al cementerio de Zaragoza (cabe suponer que sería una operación llevada a cabo en todo el territorio nacional). A los 70 exhumados de Valladolid ciudad se sumaron los enterrados en Medina del Campo y en Peñafiel, sin que haya sido posible conocer cuantos eran. El traslado se verificó por una representación de la Misión Italiana en España.